En su segundo día en Egipto, el sábado 29 de abril, Francisco celebró la Santa Misa en el Estadio del Ejército del Aire de El Cairo ante unos 15 mil fieles.
El Santo Padre aseguró en su homilía que "quien no pasa a través de la experiencia de la cruz, hasta llegar a la Verdad de la resurrección, se condena a sí mismo a la desesperación. De hecho, no podemos encontrar a Dios sin crucificar primero nuestra pobre concepción de un dios que sólo refleja nuestro modo de comprender la omnipotencia y el poder".
Francisco se reunió con el Papa Tawadros II, Patriarca de la Iglesia Copto-Ortodoxa, y pronunció un discurso en el que dio un impulso a las relaciones ecuménicas entre católicos y coptos ortodoxos: "estamos llamados a testimoniar juntos a Jesús, a llevar al mundo nuestra fe". En su discurso habló de la unidad de los cristianos y afirmó que, "edificando la comunión con el testimonio vivido en lo concreto de la vida cotidiana, el Espíritu no dejará de abrir caminos providenciales e inimaginables de unidad".
En su discurso pronunciado en la Universidad de Al-Azhar, principal referente teológico y educativo del mundo musulmán suní, Francisco elevó "un no alto y claro a toda forma de violencia, de venganza, y de odio cometidos en nombre de la religión o en nombre de Dios". El Santo Padre, ante los participantes de la Conferencia Internacional para la Paz, destacó la importancia de la educación para desarrollar una verdadera cultura del encuentro y del diálogo que promueva la paz y el entendimiento. Destacó que, ante la barbarie y la incomprensión, la religión no es un problema, sino parte de la solución.
Gheorghe Zamfir interpreta "El Cóndor Pasa", música realizada por el compositor peruano Daniel Alomía Robles. Además, este tema fue declarado Patrimonio Cultural del Perú en el año 2004.
El domingo 9 de abril, Francisco presidió la celebración de la Misa del Domingo de Ramos, o Domingo de Pasión, en la Plaza de San Pedro del Vaticano. El Santo Padre animó a los cristianos a seguir a Jesús y a llevar la cruz con paciencia, sin rechazarla.